「.」で始まるファイルなどは、UNIXやLINUXでも通常のlsコマンド（フォルダの内容表示）でも表示されません。
lsコマンドの場合は、-aオプションを付けることにより、表示できます。
WinSCPでも、「.」で始まるファイルなどは、通常は表示されません。
WinSCPで「.」で始まるファイルを表示させる方法を解説します。
WinSCPで隠しファイルを表示させる方法
１．WinSCPを起動する
２．「オプション」-「環境設定」をクリックする
３．「パネル」を選択し、「隠しファイルを表示する」にチェックを入れ、「OK」をクリックする
